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水过滤器的过滤机理的运作与很多方面存在相互影响的关系，对过滤效果有较大影响的是流体和膜的混合接触时间，混合接触时间越长则过滤效果越好;流体的粘度与化学离子成分有密切的联系，两者成反比，流体与膜之间接触越多，过滤效果越好。下面简单介绍对水过滤器造成影响的几个因素：
1、操作的关系
以颗粒的流速和过滤压力之间的关系为例。越低的流速，截留效果就越好，过滤效果也就越好。研究证明膜的结构移动是过滤的不利因素，如果膜的结构有了变化，那么颗粒和纤维就能从深层过滤器析出，这样就影响了过滤效果。
2、颗粒的类型
颗粒类型影响着过滤器效果。颗粒有不可变形颗粒和可变形颗粒两种类型。在一定的压力下，不可变颗粒过滤时会有饼状的物体的残留。然而可变形颗粒更加严重，会使过滤网孔堵塞，从而影响到过滤效果。
3、过滤的材质
过滤材质可以分为疏水性和亲水性这2种。疏水性过滤器是通过水被截流或“引导”进入滤膜，一般使用在设备呼吸器，工艺用气，化学品过滤，发酵进气、排气过滤等;亲水性的过滤器作用是除菌和有机溶液混合过滤。
4、过滤膜的类型
过滤膜的孔径和结构对过滤的效果有重要影响，有些膜的结构是可移动的，有些膜的结构是不可移动的。 过滤膜的孔径我国没有统一标准，不同的制造商有自己的大小标准，所以选取商家时需高度注意，同样的预过滤膜，选用不同制造企业，就会影响过滤的效果。
但是除菌过滤的公共孔径是有规定的，大家用的都是同一个标准，在选择和更换时就相对要简单一些。