物料的燃烧将产生灰，现代焚烧炉都配备涤气器和过滤包(袋)或静电沉淀器来加以处理。织物过滤包和静电沉积器是两大系统，都能非常好地除去废气流中危险的飞扬灰粒子和低挥发的金属蒸汽，从而进入烟囱排放。现代静电沉积器配备有间歇能量化系统，在收集高电阻率的烟灰时限制逆电离。良好的燃烧器可以消除大部分飞尘和黏附于灰尘上的危险化学药品，如在过滤包的入口处粒子浓度约为10mg/m3，经过滤能被有效地减少到<0.03mg/m3。通过一系列涤气器和化学处理反应器，可以处理并中和酸性气体，如氯化氢、S02和NOx。
酸气涤气器可以有几种：干过程、半干过程或湿过程涤气器。使用粉末或熟石灰作反应化学品，是最适合于干过程或半干过程；湿过程使用苛性钠溶液除去酸气。通过改变气体燃烧区的空气比例或在燃烧室中喷射NH3溶液，可把NxO转变成NOx，使氮的氧化物得到控制。
现代焚化炉是具有非常严格的控制和监视功能，包括使用计算分析技术，能检测极其低的化学品浓度，低达10-9g。温度控制、滞留时间和燃烧气、烟道气及飞尘的空气流分析均能连续自动录。废物燃烧的结果会产生几种非燃烧气体和蒸气，如低挥发的低熔点的重金属和各种酸气。如果不控制气体与飞尘而排放到大气中，会对环境进行污染。
有机物质的完全燃烧将产生二氧化碳和水，焚烧炉对温室效应的影响将是填埋处理的1/3?1/6。有机物和无机物的混合废弃物的燃烧将产生固体废料，主要在底部残留物中，部分飞灰被收集在过滤包中。残渣常是初始废弃物体积的10%和质量的15%?20%。在焚烧前除去金属、玻璃等可以减少残渣固体，同时提高废弃物热值。
